Işık mikroskobunda yapılan gözlemlerde bile bitki ve hayvan hücresi arasındaki farklar izlenebilir.
Bitki hücresinin çeperinde selüloz vardır. Hayvan hücresi ise selüloz çeper içermez. Selüloz bitki hücresine belli bir dayanıklılık ve şekil verir. Hücre çeperi vakuolleşen protoplastların yüksek osmotik basıncına karşı koyar. Turgor ve hücre zarı arasındaki dengeyi sağlar ve hücrenin patlamasını önler. Hayvan hücresi ise değişken şekillidir.
Bitki ve hayvan hücresi genelde aynı organellere sahiptir. Bunlardan çekirdek ve mitokondriler çift tabakalı membran taşır. Plastid membranı da çift tabakalıdır ve sadece bitki hücresinde vardır. Bitki hücresinde olupta hayvan hücresinde olmayan bir diğer organel de merkezi vakuol (büyük koful) dür. Tek tabakalı membran taşıyan endoplazmik retikulum (ER), diktiyozom, lizozom ve küçük vakuoller hem bitki hemde hayvan hücresinde görülür. Ribozom membransız olup her iki hücre tipinde de görülür. Sentriyoller hayvansal hücrelerin çoğunda bulunur fakat bitkilerde bulunmaz.
